1939年10月4日，西南联大新校舍建成并正式投入使用。西南联大博物馆馆区内至今仍保留着西南联大新校舍北区第19号教室。

1946年3月17日，“一二·一”运动四烈士遗体被安葬在西南联大校园东北角，即“一二·一”运动纪念馆所在地。

1946年5月国立西南联合大学完成其战时历史使命。5月4日，国立西南联合大学纪念碑举行揭幕仪式。

1946年7月15日，西南联大教授闻一多先生遇害，其衣冠冢葬于“一二·一”运动四烈士墓前。

1946年8月，国立昆明师范学院纪念标柱建成，西南联大三常委之一、清华大学校长梅贻琦亲自为纪念柱题名。

1965年，“一二·一”运动四烈士墓（含闻一多先生衣冠冢）被列为云南省重点文物保护单位。

“文革”期间，“一二·一”运动四烈士墓前的石雕火炬柱被折断；烈士墓后的自由女神像浮雕石屏被损坏。烈士墓背后修了马厩、豆腐房、厕所等。国立西南联合大学纪念碑周围成了垃圾堆。

1979年，昆明师范学院以烈士墓为中心，修葺了围墙及大门，建成烈士陵园，将西南联大纪念碑，一二·一”运动四烈士墓、闻一多衣冠冢保护起来，并派专人进行管理。

1980年，因“李闻事件”的特殊历史关系，经云南民盟省委提议和云南省文物部门同意，于3月26日将著名爱国民主人士李公朴先生衣冠冢从昆明西山迁至“一二·一”运动烈士陵园所在地。李公朴先生于1946年7月11日，在昆明大兴坡遇害。

1982年11月27日，经云南省委批准，在云南省文化、教育、旅游、财政、等相关部门支持下，昆明师范学院筹集资金10万元，正式建成“一二·一”运动陈列室。陈列室占地275㎡，陈列展出大量西南联大及“一二·一”运动的史料。

1983年，国立西南联合大学纪念碑被列为市级重点文物保护单位。同年，国立西南联合大学原教室被列为国立西南联合大学纪念碑市级重点文物保护单位附属文物。国立西南联合大学原教室为土坯墙，铁皮顶，东西向，长条形，长16米，宽5.8米，是国立西南联合大学艰苦办学的历史见证。

1985年，经云南省委省政府批准，云南师范大学投资13万元扩建“一二·一”运动陈列室，占地324㎡。同年9月经中共云南省委宣传部批准，“一二·一”运动陈列室更名为“一二·一”运动纪念馆，邓颖超同志亲自题写了馆名。“一二·一”运动纪念馆正式作为西南联大旧址的文物保护管理机构。扩建后的纪念馆分两个展室展出国立西南联合大学校史及“一二·一”运动历史全貌。

1984年至1985年间，云南省、市文管部门先后拨款1.7万元维修了西南联大纪念碑、“一二·一”运动四烈士墓，并对周围的环境进行了部分整治。

1985年，云南师范大学找到文革期间被破坏的国立昆明师范学院纪念标柱，修复后立于西南联大纪念碑东则。

1985年，西南联大旧址“民主草坪”内立闻一多“拍案而起”石雕塑像。

1988年，整修烈士陵园，并对西南联大旧址进行绿化整治。

1988年10月31日，国立西南联合大学三校纪念亭在西南联大旧址内落成。

1989年，整治西南联大纪念碑周围环境。

1990年，云南省文化厅拨专款1.5万维修西南联大原教室，并制作西南联大旧址文物保护说明碑及扩充部分展览。

1992年，“一二·一”运动纪念馆被列为昆明市爱国主义教育基地。

1994年，“一二·一”运动纪念馆被列为云南省爱国主义教育基地。

1995年，云南省委省政府拨专款16万元，用于文物的维修、保护。同年，云南师范大学重新绿化整治陵园环境。

1995年12月1日，国立西南联合大学暨国立昆明师范学院革命烈士纪念碑于“一二·一”运动四烈士墓左侧落成。

1997年6月，“一二·一”运动纪念馆被中宣部列为全国首批百个爱国主义教育示范基地，成为全国高校中唯一一个被命名的全国爱国主义教育示范基地。

1998年11月13日，国立西南联合大学纪念碑被云南省人民政府公布为云南省重点文物保护单位。

2000年，云南省文化厅拨5万元专款，对西南联大纪念碑及烈士墓进行维修。

2001年，云南师范大学成立西南联大研究所，加强对西南联大及“一二·一”运动的历史研究工作。

2003年6月2日，国立西南联合大学纪念亭被列为昆明市五华区重点文物保护单位。

2004年4月，云南师范大学启动“西南联大旧址保护及‘一二·一’纪念馆改扩建工程”，全面整治联大旧址环境，新建国立西南联合大学纪念馆，同时，全面改版西南联大及“一二·一”运动的陈列布展，采用现代化的声、光、电展览手段进行布展施工。

2005年2月，“一二·一”运动纪念馆被国家发改委、中宣部、财政部、国家旅游局、教育部、国家文物局等中央部委、局选定为首批全国红色旅游经典景区，并被纳入全国红色旅游精品线“昆明-会理-攀枝花-冕宁-西昌”，成为当时昆明市唯一一家入选的单位。

2006年5月，国立西南联合大学旧址被国务院核定并公布为第六批全国重点文物保护单位。

2008年10月，中宣部划拨专款资助建设的“一二·一”运动纪念标志广场落成。

2009年，“一二·一”运动纪念馆（含“一二·一”运动纪念馆及国立西南联合大学纪念馆）被列为国家免费开放单位。

2011年4月，西南联合大学旧址被纳入全国红色旅游经典景区第一批名录。

2011年9月，云南师范大学为弘扬西南联大精神，加强西南联大旧址的保护，调整机构成立西南联大博物馆（正处级单位），下设办公室、西南联大研究所、社会教育部等职能科室，并与“一二·一”运动纪念馆合并办公。

2013年1月，《西南联合大学旧址保护规划》由云南省人民政府正式公布实施。

    2014年7月，西南联大博物馆被列为云南省社会科学普及示范基地。

    2015年6月，西南联大博物馆被列为国家级海峡两岸交流基地。

    2015年8月，西南联大旧址被国务院列为第二批国家级抗战纪念设施、遗址名录。

    2015年11月，西南联大旧址被民盟中央授予中国民主同盟传统教育基地。

    2015年11月，西南联大旧址被云南省政府命名为云南省国防教育示范基地。

2016年12月，西南联大博物馆被列为云南省第一批高校思想政治理论课实践教学示范基地。